Sulfat de condroïtina (CS) es classifica com a membre dels glicosaminoglicans (GAG), també coneguts com mucopolisacàrids, que són cadenes laterals d’hidrats de carboni que són components essencials dels proteoglicanos. Tots els glicosaminoglicanos consisteixen en unitats de disacàrid 1,4-glucosídicament lligades. En el cas de les condroitines, àcid sulfúric s'adjunta regularment a oxigen or nitrogen àtoms, de manera que solen reaccionar fortament àcids. Els sulfats de condroitina A i C estan formats per àcid glucurònic i N-acetil-D-galactosamina. Sulfat de condroïtina B té una estructura similar. Es coneix com sulfat de dermatan o beta-heparina a partir de l’àcid L-idurònic i del NAG-4-sulfat.
D'una banda, condroitin sulfate entra al cos a través dels aliments. Es troba en carn i animals marins, especialment en musclos i ostres. D’altra banda, el glicosaminoglicà es pot formar al propi cos. La síntesi endògena requereix glucosamina sulfat, el substrat preferit per a la biosíntesi de glicosaminoglicans. Els sulfats de condroitina, com a proteoglicans animals, s’incorporen en gran part cartílag representen els principals components intercel·lulars de teixit connectiu, cartílag i os. Tanmateix, també es poden trobar a pell i moc corporal.
Tècnicament, els sulfats de condroitina solien obtenir-se del tauró cartílag, i posteriorment també de traqueides bovines i porcines, respectivament.
