La deficiència greu de vitamina B6 és rara.
Els estudis han demostrat que la tiamina és necessària per al metabolisme i el funcionament adequats de la vitamina B6. Per tant, els alcohòlics que també tenen deficiència de tiamina a causa de la ingesta dietètica baixa tenen el major risc de patir també els efectes de la deficiència de vitamina B6.
Alguns estudis han documentat electroencefalogrames anormals (EEG) en la deficiència de vitamina B6. Altres símptomes neurològics que es produeixen amb deficiència greu són la irritabilitat, depressió, i confusió. Altres símptomes inclouen glossitis (inflamació de la llengua), nafres o úlceres al boca, i rhagades (esquerdes i úlceres) a les cantonades de la boca.
