Els següents símptomes i queixes poden indicar encefalitis japonesa:
- Lleuger grip-com malaltia - en la majoria dels casos.
Meningoencefalitis* (incidència: 1 de cada 250 infeccions).
- Aproximadament cada 250è cas d'infecció.
- alt febre, generalment 10 dies.
- Sensació general de malaltia
- Cefàlgia (mal de cap)
- Nàusees (nàusees) / vòmits
- Perturbació de la consciència
- Convulsions
- Trastorns del reflex
- Confusió
- Canvis de comportament
- Tremolor
- Parèsia (paràlisi motora)
- Trastorns de la marxa
- Coma
* Combinat inflamació del cervell (encefalitis) I meninges (meningitis) La letalitat (mortalitat en relació amb el nombre total de persones que pateixen la malaltia) en la afectació del SNC és del 30-35%. Els nens i la gent gran són més propensos a contraure la malaltia de manera més severa.