A continuació es detallen les malalties o complicacions més importants a les quals pot contribuir la malaltia de Whipple:
Ulls i apèndixs oculars (H00-H59).
Sistema cardiovascular (I00-I99)
- Endocarditis (inflamació endocàrdica; segona ubicació més freqüent).
- Miocarditis (inflamació del cor múscul).
- pericarditis (inflamació del pericardi) amb insuficiència valvular.
Sistema musculoesquelètic i teixit connectiu (M00-M99).
- Poliartritis (inflamació de múltiples articulacions).
- Sinovialitis (inflamació de la membrana sinovial)
Psique: sistema nerviós (F00-F99; G00-G99)
- Amnèsia (pèrdua de memòria)
- Atàxia (trastorn de la marxa)
- Paràlisi d'observació
- Demència
- Epilèpsia (convulsions)
- Ritme de son-vigí pertorbat
Símptomes i troballes clíniques i de laboratori anormals no classificades en cap altre lloc (R00-R99).
- Pleuresia (pleurisia).
